俄国征服人辽阔的西伯利亚与远东地区，随即建立了行政军事机构加以控制，实施殖民统治。整个西伯利亚由中央的西伯利亚衙门管理，各地区分设督军辖区和县。督军辖区共有4个，即托搏尔斯克、托木斯克、雅库茨克和叶尼塞斯克，每个辖区下隶属几个县。17世纪西伯利亚共有图林斯克、秋明、塔拉等19个县。
1850年以后，趁中国清朝衰微，武力侵略黑龙江流域。在雅克萨一带，俄寇甚至拿索伦人当食物，真是吃人的恶魔；尼古拉耶夫攻占庙街，残酷杀害当地的赫哲族和鄂温克族居民，制造庙街惨案，并改名为尼古拉耶夫斯克；同时俄寇将海兰泡江东64屯的鄂伦春族居民赶进黑龙江淹死或杀死，此乃海兰泡惨案！同时强迫清王朝签订了《中俄瑷珲条约》、《中俄北京条约》抢占了黑龙江流域的100万平方公里中国领土，包括黑龙江以北、外兴安岭以南、乌苏里江以东至库页岛的大片领土。这片领土内居住的赫哲族被屠戮殆尽，结雅河的鄂伦春族被迫迁入大兴安岭，女真族被迫迁入黑龙江以南乌苏里江以西，最后俄罗斯移民成了当地的主体民族。
清朝末年，汉民族大量移民东北，成为东北的主体民族，这保证了东北对中国的向心力，成为巩固东北边防的最强的力量。
1900年，八国联军侵华，沙俄趁火打劫，占领东北全境，实行殖民统治。1905年日本击败沙俄，夺取库页岛南段和海参崴并控制吉林和辽宁。再后来东北进入张作霖时期，1917年远东共和国成立。1931年日本占领东北，成立满洲国，与苏联在黑龙江相对峙。1945年，苏联从日本手中重新夺取库页岛南部和海参崴，并占领日本北方四岛。