但李鸿基却深知不能任由满人发展下去，林丹汗远逃，虽然身边还有数万人，但对他的威望是个重大的打击，估计就是不死，恐怕再也无法和满人争雄，若任由满人顺利统治蒙古各部，再建立汉军八旗，那时实力必定大增，闯军以后即使推翻了大明，也得面临与满人的争峰，何况这次李鸿基提前与满人交手也想让闯军知道一下满人的实力，知已知彼方能百战不殆。
李鸿基在蒙古边境集结重兵的另一个目的就是趁机拉拢蒙古的小部落，虽然在后来的历史上蒙古人一直是满清的坚定拥护者，但此时真正归获后金的部落还不过半，归附的也不全是真心实意，只是惧于后金的强大而已，蒙古和女真其实是世仇，1467年，成吉思汗的第27代继承人满都古勒大汗在讨伐他的侄孙和继承人博勒呼济农的一次战争中去世。而博勒呼济农在1470年也被暗杀。一度人丁兴旺的黄金家族中，现在仅剩下一个5岁的男孩、博勒呼济农之子达延。
达延的命运比成吉思汗年幼时的遭遇还要悲凉和不幸，家族的长辈都在内讧中死去，小小的孩子孤苦无依，连他的母亲都抛下他改嫁了，所幸，满都古勒汗的年轻遗孀满都海赛音可敦把他置于自己的保护之下，还在1470年宣布他为大汗，满都海赛音可敦是一个了不起的女人，她不但抚养了达延，还率领jūn_duì 打败了卫拉特人，将他们彻底赶出了蒙古中东部地区。为达延汗日后的统治奠定了基础。
达延汗是蒙古帝国统治时间最长的大汗，统治了蒙古整整七十三年。在1481年亲政之后，达延汗镇压了右翼土默特人、兀良哈人的叛乱。并从1497年到1505年间，他对从辽东到甘肃的明朝边境地区进行了一系列卓有成效的攻击，使得明朝无法与卫拉特人联系。
1543年达延汗去世之后，他的孙子博迪继承了汗位。虽然广大的领土被达延汗的众多子孙瓜分，但从1544年到1634年蒙古帝国的汗位一直稳固的在达延汗的长支后裔察哈尔部中传承。
虽然达延汗的长期统治稳定了蒙古帝国汗位传承，但并没有克服蒙古民族的最大弱点——实行瓜分家族遗产的习惯法。当帝国的创建者死后，帝国便成了一种类似联邦式的家族国家，国内的各级首领，都是兄弟或堂兄弟，他们虽然承认察哈尔部的最高权利，但处于相当的独立状态。
随着时间的流逝，察哈尔部的汗位继承者们逐渐失去了足以统治整个蒙古的力量，西方的卫拉特人和东方兴起的通古斯人（满人）都是他们可怕的敌人。但这个时候，卫拉特人正在对付哈萨克汗国、沙皇俄国以及内部的绰罗斯家族与和硕特家族的权力争夺。
1604年，林丹继承汗位，接受黄教沙尔巴呼图克图的灌顶戒教，称林丹库图克图汗。林丹汗并不是一个昏庸无能的可汗，他早已看出后金帝国对于蒙古的野心，因此从继位始，便开始重新统一蒙古各部。
1616年，比林丹汗年长33岁的努尔哈赤登上后金汗位。而后来继承汗位的天聪汗皇太极与林丹汗同岁，他成了蒙古林丹汗的克星。